O pantoprazol pode ser administrado com ou sem alimentos. A posologia habitualmente recomendada para adultos é de um comprimido de pantoprazol 20 mg uma vez ao dia. A duração do tratamento fica a critério médico e depende da indicação. Na maioria dos pacientes, o alívio dos sintomas é rápido. Na esofagite por refluxo leve, em geral um tratamento de 4 a 8 semanas é suficiente.